鼻子酸通常是由局部炎症引起的，当病毒、细菌、致敏物等进入鼻黏膜，产生炎症反应，刺激机体释放内源性致痛因子如5-羟色胺、组织胺、缓激肽、前列腺素等，引起鼻部的酸痛症状。疼痛不严重时，就可表现为鼻子发酸的感觉。相关疾病主要包括上呼吸道感染、过敏性鼻炎等。
上呼吸道感染多为病毒感染引起，还有一部分是细菌感染。以普通感冒最为常见，常出现鼻子酸痛、鼻塞、流涕等呼吸道卡他症状。炎症因子刺激使上呼吸道黏膜血管充血，分泌物增多，黏膜局部充血引起鼻塞、流涕等表现。除鼻部酸痛外，呼吸道上皮损伤及炎症因子的释放入血会使病人出现全身肌肉酸痛的症状。
过敏性鼻炎又称变应性鼻炎，多见于儿童和青壮年，是基因与环境共同作用的结果，吸入性过敏原如花粉、尘螨、动物皮屑等是主要诱发因素。吸入后鼻腔黏膜充血水肿明显，表现为发作性喷嚏、流清水涕，以及鼻塞、鼻酸等。过敏性鼻炎患者要尽量避免接触已明确的致敏物，减少鼻炎发作的概率。
此外，出现鼻子酸还有可能是闻到了刺激性的气体，或者是情绪上过于悲伤，想要流泪等导致。